Kolejne tygodnie i miesiace to przede wszystkim walka o dalsze prowadzenie gospodarstwa Lutrow. W zadnym wypadku Katharina nie chciala opuszczac Klasztoru Schwarze i wyprowadzic sie na skromna posiadlosc dla wdow.
Mimo testamentu Lutra i jego zatwierdzenia przez kurfirsta, Katharina i dzieci otrzymaly odrebnych opiekunow. Wola Lutra, aby Katharina pozostala opiekunem wlasnych dzieci, nie zostala wypelniona. Rodzina pozostala na razie w domu Lutra.

W 1546 uciekla przed Wojna Szmalkaldzka przez Dessau do Magdeburgu. W 1547 znowu z Wittenberg uciekla po raz drugi wraz z Melanchthonem i Johannem Major przez Helmstedt do Braunschweig. Pod koniec lipca Katharina wrocila do Wittenberg poniewaz wojna uspokoila sie tymczasowo.

Finansowo byla skonczona. Pomocy udzielilo jej dwoch ksiazat. Dysponujac skromnymi srodkami Katharinie udalo sie znowu urzadzic w Wittenberg.

U piecdziesiecioletniej kobiety pojawily sie oznaki znuzenia. Bez meza nie bylo miejsca dla Kathariny w wittenberskim towarzystwie.

Przed dzuma i nieurodzajem w 1552 ucieka do Torgau. Przed Torgau miala wypadek na drodze, po ktorym, a takze zlych wiadomosciach, nie moze juz dojsc do siebie.

20 grudnia 1552 umiera. Przeniesiony do Wittenberg Uniwersytet 21 grudnia o 15.00 zamknal trumne, zostanie uroczyscie pochowana w kosciele w Torgau.