Die nächsten Wochen und Monate waren von einem erbitterten Kampf um die Weiterführung von Luthers Haushalt ausgefüllt. Keinesfalls wollte Katharina das Schwarze Kloster verlassen und sich auf einen bescheidenen Witwensitz zurückziehen.
Trotz Luthers Testament und seiner kurfürstlichen Bestätigung erhielten Katharina und die Kinder getrennte Vormünder. Der Wunsch Luthers, Katharina zum Vormund ihrer eigenen Kinder zu bestellen, erfüllte sich nicht. Die Familie blieb vorerst im Lutherhause beisammen.

Vor dem Schmalkaldische Krieg floh sie 1546 über Dessau nach Magdeburg. Wieder in Wittenberg floh sie 1547 zum zweiten mal in Begleitung von Melanchthon und Johann Major über Helmstedt nach Braunschweig. Ende Juli kehrte Katharina nach Wittenberg zurück, da der Krieg ein vorläufiges Ende genommen hatte.

Wirtschaftlich gesehen war sie am Boden. Sie erhält die Unterstützung zweier Fürsten. Katharina gelang es vorerst mit bescheidenen Mitteln, sich in Wittenberg wieder einzurichten.

Bei der gerade fünfzig Jahre alten Frau zeigten sich Spuren der Erschöpfung. Für Katharina schien ohne ihren Mann kein Platz in der Wittenberger Gesellschaft angemessen.

Vor Pest und Mißernten flieht sie 1552 nach Torgau. Vor der Stadt Torgau erleidet sie einen Verkehrsunfall, von dem sie sich, auch wegen weiterer schlechter Nachrichten, nicht wieder erholt.

Am 20. Dezember 1552 starb sie. Die nach Wittenberg verlegte Universität folgt am, 21. Dezember 15.00 Uhr geschlossen ihrem Sarg, sie wird mit einem Begräbnis in der Torgauer Stadtkirche geehrt.